Der Stiftungsrat bildet die oberste Führungsebene der Stiftung Waldheim. Er befasst sich mit strategischen Fragen und besteht aus sieben Fachpersonen, die sich ehrenamtlich engagieren. Das Gremium trifft sich jeweils in vier ordentlichen, halbtägigen Sitzungen pro Jahr; bei Bedarf aber auch häufiger.
Gebildet wird der Stiftungsrat durch Persönlichkeiten aus Wirtschaft, Politik und Gesellschaft, welche über langjähriges Wissen und hohe Kompetenz in ihren jeweiligen Ressorts einbringen. Der Stiftungsrat wacht über die Einhaltung der strategischen Stiftungsziele und nimmt das Jahresbudget sowie auch den Jahresabschluss ab.